La 17 noiembrie 1819, Ferdinand al VII-lea a inaugurat Muzeul Prado. Catalogul operelor abia număra trei sute unsprezece picturi. Istoria colecțiilor se împletește chiar cu istoria națiunii spaniole: Prado reflectă gustul artistic al unei întregi dinastii de suverani iubitori de artă și colecționari, care au comandat și cumpărat capodoperele celor mai mari artiști ai epocilor lor. Totodată, existența muzeului este legată de situația politică și economică prosperă a Spaniei din secolul al XVI-lea și din prima jumătate a secolului al XVII-lea. Suveranii de Castilia și-au lăsat amprenta în istoria mecenatului: Giorgio Vasari povestește că Ioan al II-lea (1406-1454) l-a găzduit la curtea lui pe Nicola Fiorentino, autorul magnificului panou de altar din catedrala veche din Salamanca. Isabela Catolica (1474-1504), a cărei căsătorie cu Ferdinand de Aragon a unificat națiunea, s-a dedicat aproape exclusiv artei secolului al XV-lea flamand, după cum o demonstrează decorațiunile Capelei regale din Granada.
Rafinat și cult, deși un politician mai puțin abil, Filip al IV-lea (1621-1665) a trăit strălucirea a ceea ce s-a numit „secolul de aur” al picturii spaniole și a fost cel mai mare colecționar pe care l-a avut Spania. La moartea lui Rubens, a cumpărat treizeci și două de capodopere, dintre care optsprezece aparțineau maestrului. Cu ocazia licitației organizate de revoluționarii englezi în 1654 pentru vânzarea bunurilor lui Carol I al Angliei, executat cu puțin timp înainte, a achiziționat o lucrare de Mantegna, Înmormântarea Fecioarei, Sfânta Familie, de Rafael, Autoportretul lui Durer și diverse opere de Tiziano, Veronese și Tintoretto. L-a adus la Curte pe cel mai mare pictor al epocii de aur a culturii spaniole, Diego Velazques, ale cărui lucrări sunt în majoritate expuse la Prado, printre ele numărându-se Predarea cheilor orașului Breda, Domnișoarele de onoare și Mitul lui Arahne. Filip al IV-lea l-a trimis de două ori în Italia ca să cumpere tablouri și statui pentru colecția coroanei, precum Venus și Adonis, de Veronese, și Scene din Vechiul Testament, de Tintoretto. Bachanala și Ofranda lui Venus, de Tiziano, au fost donate în 1639, în timp ce regina Cristina a Suediei i s-a prezentat regelui trimițând panourile pictate de Durer cu Adam și Eva. De asemenea, Filip al IV-lea a avut ideea de a asocia coroanei picturile și sculpturile, vasele și mobilele de la Alcazar (vechiul Palat Regal) pentru a împiedica astfel risipirea lor.
În perioada domniei lui Carol al II-lea (1665-1700), moștenitorul lui Filip al IV-lea, patrimoniul artistic a crescut considerabil, ajungând să conțină la moartea sa, printre atâtea comori, o pinacotecă de cinci mii cinci sute treizeci și nouă de tablouri. Colecția a fost protejată de lăcomia soției suveranului, Mariana de Neuburg, care ar fi vrut să folosească tablourile ca monedă de schimb în tranzacțiile internaționale.
Un generos pasionat de opere de artă a fost Filip al V-lea (1700-1746), primul dintre Bourbonii de Spania, nepotul regelui Franței, Ludovic al XIV-lea, care a cumpărat de la Roma, în 1724, tablourile ce aparținuseră pictorului Carlo Maratta, printre care și capodopere semnate de Rafael, Tiziano, Rubens, Pooussin, Orazio și Artemisia Gentileschi.
Un colecționar deosebit a fost și cea de-a doua soție a regelui, Isabella Farnese, care a contribuit la întărirea renumelui pictorului Murillo, achiziționând treizeci de picturi ale artistului spaniol în timpul unei călătorii la Sevilla. Mai târziu, a adus două lucrări extraordinare ale lui Antoine Watteau și a cumpărat o colecție de sculpturi clasice adunate la Roma de regina Cristina a Suediei.
Carol al III-lea (1759-1788), care fusese rege al Neapolului și al Siciliei, imediat ce a urcat pe tron, a cumpărat o colecție a marchizului de la Ensenada, din care făceau parte Portretul călare al contelui de Olivares, Artemis și Iudita. Odată cu venirea la curte a celui mai de seamă reprezentant al neoclasicismului academic, pictorul Anton Raphael Mengs, coroana Spaniei a făcut o alegere de stil și de gust, ușor atenuată de chemarea la Madrid a maestrului venețian Giambattista Tiepolo pentru a decora tavanele noului palat regal cu o serie de compoziții extraordinare.
În 1775, Carol al III-lea i-a încredințat arhitectului neoclasic Juan de Villanueva proiectarea Muzeului de Istorie Naturală pe pajiștea (prado) Bisericii San Jeronimos. El a folosit materiale locale: cărămidă pentru ziduri, granit din Sierra de Guadarrama pentru porticuri, ferestre și coloane, și calcar alb de la Colmenar pentru piedestale. Conform ideilor iluministe, întreaga zonă trebuia să fie consacrată științelor printr-o grădină botanică, un observator astronomic și un muzeu al științelor naturii, unde să fie adăpostite colecțiile regale, și, de asemenea, un laborator de chimie și un atelier pentru tot felul de mașinării.
Cu ajutorul lui Carol al IV-lea (1788-1808) s-a manifestat geniul lui Goya: maestrul spaniol a ajuns la Madrid având misiunea de a realiza cartoanele Atelierului Regal de tapiserii Santa Barbara și ca portretist de curte. Construcția complexului Prado a continuat și în timpul războaielor napoleoniene și al urcării pe tron a „uzurpatorului” Joseph Bonaparte.
În 1868 muzeul a fost naționalizat și a căpătat pentru prima dată numele definitiv de Muzeul Național Prado. Marchizul de Santa Cruz a fost primul director, iar toți succesorii lui, inițial, au aparținut înaltei aristocrații. În timpul războiului civil din 1936, Pablo Picasso a fost numit director al Muzeului.
Capodoperele aflate în Muzeul Prado, privite de aproape, în cele mai mici detalii, spun povestea activității de colecționar a casei regale spaniole și reprezintă cele mai bune lucrări în materie de pictură europeană, de la Renaștere până la perioada modernă.
